航海技术学院以海上交通运输技术与管理为主体，设有航海技术、水路运输安全管理两个全日制专业。其中航海技术专业系国家首批骨干高职院校重点专业、全国职业院校交通运输类示范专业、江苏省品牌专业、江苏省高等职业教育高水平骨干专业、江苏省成人高等教育重点专业。
航海技术学院是教育部、国家发展与改革委员会等6部委联合表彰的“全国职业教育先进单位”，拥有江苏省高等学校科技创新团队2个，江苏省高等学校优秀教学团队”2个。56名专任教师中有教授8人，船长15人，博士研究生及博士在读6名；拥有交通运输“吴福-振华交通职业教育优秀教师”2名，省级以上教学名师4人，市厅级教学名师4人，省“333高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人4名，省高校“青蓝工程”中青年学术带头人3名，江苏交通“100人才工程”人选3名。
航海技术学院拥有省产教融合实训平台1个、省职业教育实训基地1个、省交通运输系统职业教育实训基地1个，校内建有8个实训中心28个实训室，校外建有37个生产性实训基地。航海系具有船舶试航、磁罗经校正、船舶无线电检测与维修、水上水下活动通航安全影响论证与评估等技术服务资质，具有海船船员培训资质21项、内河船船员培训资质7项、渔业职务船员培训资质4项，先后获得全国高职高专院校科研工作先进单位，南通通市职业教育服务地方经济贡献奖。
多年来，航海技术学院以国际化航海技术技能型人才培养为目标，积极实施“校企合作、工学结合”的人才培养模式，其成果获国家级教学成果奖一等奖2项，江苏省高等教育教学成果奖一等奖3项，二等奖2项。航海技术专业学生在第二届、第三届、第四届中国海员技能大比武中荣获第二名1次，二等奖2次，学生对口就业率保持在96%以上。
