运输管理与经济学院下设有运输管理、物流管理、财经、商务、实训等5个专业教研室。建有国家级数字化港航物流实训中心、省物流实训中心、轨道运营管理实训中心、财会模拟实训中心等6个实训中心，设备总值达1400多万。建有南通港口集团、中海集装箱公司、香港兰德国际海运有限公司、苏州轨道交通有限公司等40多个校外实训基地，设有物流职业技能鉴定所和国际货运代理培训基地。
目前开设有交通运营管理、港口与航运管理、城市轨道交通运营管理、物流管理、电子商务、关务与外贸服务、大数据与会计等8个专业，各专业的就业率达到98%以上。其中，港口与航运管理专业为江苏省高等学校特色专业、江苏省高职示范专业、江苏省高水平骨干专业、江苏省优质高职院校重点建设专业，国航专业群被省教育厅确定为省级重点专业群。我院与南航、南财、苏大开设了交通运输（航空物流）、会计学、轨道交通运营管理3个专接本的本科专业。同时我院每年都有近百人通过专转本进入本科院校继续深造。
我院现有专任教师中，教授、副教授占30%以上，中青年教师100%具有硕士以上学位，专任教师中双师素质教师95%以上。拥有江苏省交通系统教学名师1名，江苏省交通系统100人才1名，江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人1名，南通市“226高层次人才培养工程”首批中青年创新创业领军人才1名，省优秀青年骨干教师5名。学院拥有省级精品课程一门、拥有国家“十一五”、“十二五”规划教材各3部、省级精品教材2部，承担完成市厅级以上科研项目50多个，获江苏省教学成果奖等市厅级以上教学科研奖共计30多项。
