运输管理与经济学院下设运营管理、国际航运、财经、商贸、实训等5个教研室。建有国家级数字化港航物流实训中心、省级现代物流实训中心、轨道运营管理实训中心、财务云共享服务中心等6个实训中心，设备总值达1400多万。建有南通港（港口）集团有限公司、中国外运长江有限公司南通分公司、苏州轨道交通集团有限公司、南通万达能源动力科技有限公司等40多个校外实训基地，设有物流职业技能鉴定所和国际货运代理培训基地。

学院目前开设港口与航运管理、交通运营管理、城市轨道交通运营管理、大数据与会计、大数据与财务管理、现代物流管理、关务与外贸服务、电子商务等8个专业，各专业的就业率均达到98%以上。其中，港口与航运管理专业为国家“双高”建设专业、教育部骨干专业、江苏省高水平骨干专业、江苏省高等学校特色专业，港口与航运管理专业群被江苏省教育厅确定为省级重点专业群。学院与南京航空航天大学、南京财经大学、苏州大学合作开设了交通运输（航空）、会计学、交通运输（轨道）等3个专接本本科专业。同时，学院每年约近百人通过专转本进入本科院校继续深造。

学院现有专任教师33名，其中教授、副教授占比42%以上，中青年教师100%具有硕士以上学位，专任教师中双师素质教师90%以上。拥有江苏省“333高层次人才培养工程”中青年科学技术带头人1名，江苏省高校“青蓝工程”优秀青年骨干教师5名，江苏省交通系统教学名师1名，江苏省交通系统100人才1名，南通市“226高层次人才培养工程”首批中青年创新创业领军人才1名。学院拥有国家“十一五”、“十二五”、“十三五规划教材4部、省级精品课程2门、省级精品教材2部，承担完成市厅级以上科研项目50多项，获江苏省教学成果奖等市厅级以上教学科研奖共计30多项。